为创新海关监管和服务，全面推进福建自贸试验区建设，福厦两关协商一致，制定了《福州海关厦门海关共同推进中国（福建）自由贸易试验区建设联系配合办法》。主要内容有：

工作机制

　　1、建立协同推进制度。对涉及自贸试验区建设的全局性政策需求和重大举措事先进行沟通协调，联合上报海关总署或福建省，联合发布公告实施。对《中国（福建）自由贸易试验区总体方案》和《福州海关 厦门海关推进中国（福建）自由贸易试验区建设监管服务改革方案》项下的共性疑难问题及时研究协商，形成统一意见，共同推动工作。对具有共性的海关监管和服务创新制度，做到统一简化手续，统一操作流程，统一数据口径，统筹实施时间。

　　2、建立联席会议制度。每季度在福州关区或厦门关区召开一次联席会议，通报自贸试验区协同配合工作进展情况、研究解决相关问题、制定下一步工作计划，会议成果以会议纪要或联合发文的形式予以明确。

　　3、建立联络员制度。福厦两关自贸试验区工作组（自贸办）各派一名负责人担任联络员，负责关际间的日常沟通协调、工作情况通报、工作督办及反馈。

　　4、建立交流互访制度。制定福厦两关工作交流互访计划，建立福厦两关工作互通、信息共享的交流平台，在人员互派、跟班作业、资源共享等方面加强协作。

　　5、建立统一宣传制度。设立福厦两关协同推进自贸试验区建设情况通报载体，由福厦两关每季度轮流主办，负责汇总每月两关协同推进自贸试验区建设工作情况，分别向两关各职能部门和业务现场通报，并选择性报送总署和省、市地方政府。适时联合召开新闻发布会，共同制作专题片，对协同推进自贸试验区建设的工作 进行联合宣传报道。