《农民专业合作社法》正式实施三年来，农民专业合作社在联结农户、企业和市场，提高农业的组织化程度，促进农业增效、农民增收方面起到了重要的带动和引导作用，受到广大农民群众的欢迎。但是由于其是新生事物，在发展过程中仍存在一些问题。
一、主要问题
(一)对合作社思想认识不够到位。一些农民包括合作社的领导对什么是农民专业合作社、农民专业合作社与各类公司的区别、合作社的宗旨等问题的认识还不够到位。个别合作社成立的初衷是把它作为单纯争取优惠政策和政府资金支持的工具，功利性较强，合作意识较为淡薄,社员期望值过高。
（二）与社员的利益关系不够紧密。一是合作社与社员联结是松散的，不够紧密。市场行情好时，社员各自出卖生产的农产品，只有行情不好时才会与合作社联合；二是社员享受股金分配的份额不多，“一股独大”现象较为突出，依托企业、集体经济和能人组建的合作社公司化色彩较浓，从事纯农业生产的社员一般只交少量股金；三是大部分合作社的“二次返利”比例较小，有的甚至没有“二次返利”，社员的利益未能得到充分享受，“民办、民管、民受益”的原则也没得到很好的落实，因此吸引力和带动力不强。
（三）内部管理制度不够健全。一是从内部管理看，大部分合作社的内部章程、管理制度存在内容不完整，真正建立利益共享分配机制的合作社较少；财务管理滞后，大部分没有严格执行农民专业合作社财务管理制度和会计核算办法；二是从运行的机制看，部分合作社没有按照民主决策、民主议事、民主管理的原则进行，科学民主管理与监督机制尚不健全，社员参与合作社重大事项的决策缺乏有效途径。
二、对策建议
（一）加大扶持力度，提高发展力。农民专业合作社在生产经营过程中普遍存在许可、登记、人员、场地、资金、技术、信息、产品、市场、税收等诸多问题和困难，为此，建议政府要全面贯彻落实法律法规，切实加强对农民专业合作社发展的指导、扶持力度。建议采取检查、指导等方式，进一步推动各级农业部门切实履行职责，积极发挥对农民专业合作社的指导、协调作用。同时，建议尽快出台《关于进一步促进农民专业合作社发展的实施意见》，具体明确各级各有关部门的责任，明确各项优惠、扶持政策。
（二）完善管理机制，提高吸引力。严格按照《农民专业合作社法》的要求，组建合作社，完善法人治理结构，健全社员（代表）大会、理事会、监事会；健全财务管理制度，加强合作社与社员之间的利益联结；细化内部管理职能，强化统一经营作用，增强凝聚力和带动力。开展以农民专业合作社生产标准化、经营品牌化、管理规范化、社员知识化、产品安全化为内容的“五化”建设，全力推进农民专业合作社规范化发展。
（三）加强质量管理，提高竞争力。鼓励合作社制定标准、实施标准、执行标准，提高标准化实施面和到位率。指导合作社落实农产品源头安全生产管理措施，切实提高农产品质量安全水平。大力发展无公害农产品、绿色食品、有机农产品生产，推进后续加工，提升产品档次。加强品牌建设，打造一大批竞争力强的品牌产品。通过宣传发动、政策促动、龙头带动、品牌推动、融台联动等多种手段，引导和促进农民专业合作社发展。
（四）扩大产业规模，提高辐射力。鼓励合作社“走出去”，扩大生产规模，形成规模优势。增强合作社的发展能力，重点扶持管理规范、市场开拓能力较强、品牌优势明显的合作社，增进示范带动效应。积极探索组建农民专业合作社联合社，通过兼并、联合等形式，努力在组织管理、技术培训、市场开拓、金融保险服务等方面发挥作用，整合合作社资源，形成合力共闯市场。
（五）建立绩效评价体系，提高生命力。从质量控制、社员收益、组织发展、社会影响等方面，建立较为科学的合作社绩效评价体系，化解影响和制约因素，进一步完善治理结构及其运行机制；探索合作社发展模式，增强自身实力，扩展利润空间，抵御各类风险，提升经营绩效。
